Dalam RUU Pemda dikatakan, kepala daerah yang tidak mentaati peraturan perundangan, program strategis nasional, peraturan kepegawaian, dan prosedur perencanaan bisa diberi sanksi. Bentuk sanksi dimulai dari teguran, pemberhentian sementara selama tiga bulan (mengikuti pembinaan khusus), hingga diberhentikan presiden. Hal ini diharapkan akan menjamin efektivitas pemerintahan. Pelaksanaannya dipantau melalui pengawasan pemerintahan umum yang sistemnya akan disiapkan kemudian. Pengawasan berjenjang dilakukan Kementerian Dalam Negeri terhadap 33 gubernur, sedangkan gubernur memonitor pelaksanaan peraturan perundangan oleh bupati/wali kota.
Selama ini, menurut Djohermansyah, gubernur tidak diberi kewenangan untuk ‘mendisiplinkan’ Bupati/Walikota. Oleh karena itu, gubernur akan diberi kekuatan untuk mendisiplinkan bupati/walikota yang tidak menjalankan program-program strategis Pemerintah Pusat dan tindakan tidak disiplin lainnya seperti tidak berkoordinasi saat ke luar daerah, rapat-rapat konsultasi tidak hadir tanpa ada alasan yang jelas, perda yang sudah dibatalkan tetapi tetap dijalankan, dan pelanggaran lainnya.
Namun, kewenangan ini bukan berarti gubernur bisa sewenang-wenang kepada bupati/walikota, karena Pemerintah Pusat juga punya tim verifikasi. “Jadi gubernur juga diawasi. Jika melanggar juga dikenai sanksi yang sama,” ujar Djohermansyah. Agar bisa melakukan pengawasan secara optimal terhadap bupati/walikota, oleh Pemerintah Pusat, gubernur akan diberi anggaran dan aparat.
Penegasan desain hierarki hubungan Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah termasuk pengaturan masalah sanksi kepada kepala daerah jika melalaikan peraturan perundangan, salah satunya didasarkan atas pengalaman dan persoalan yang terjadi di lapangan selama ini, terkait penyelenggaran pemerintahan di daerah. Penegasan ini lebih untuk memastikan bahwa urusan pemerintahan yang diserahkan Pusat ke Daerah benar-benar dijalankan sesuai dengan desain yang telah ditetapkan oleh peraturan perundang-undangan yang berlaku dan peraturan pemerintah lainnya.