Penyanderaan gaji dewan oleh bupati ini diduga dilatarbelakangi tuntutan fraksi PDIP yang ngotot agar bantuan parpol 2010 dan 2011 dirapel pada anggran tahun ini. Alasannya, bantuan parpol pada 2010 hangus, karena belum beresnya masalah kepengurusan parpol.
Tuntutan PDIP ditolak mentah-mentah oleh bupati, sebab anggaran ganda berisiko secara hukum.
Lebih lanjut bupati mengatakan, DPRD seharusnya mempunyai sikap toleransi dan tidak hanya sekedar menuntut hak saja. "Nantinya jika ada audit, tentu saya yang kena, karena bupati bertanggung jawab terhadap anggaran," tandas Mardjoko.Penolakan Bupati Mardjoko ternyata berimplikasi terhadap persoalan lain, DPRD Banyumas menyandera persetujuan APBD 2011. Bupati Banyumas kemudian balas menyandera pencairan gaji dewan untuk Agustus, seharusnya sudah diterima 1 September, namun hingga Senin (5/9) belum juga cair.
masalah ini mendapatkan perhatian dari Pemerintah Provinsi Jawa Tengah, setelah dilakukan mediasi oleh Sekda provinsi pada hari kamis (8/9) akhirnya bupati Banyumas menyatakan akan mencairkan gaji DPRD dan Fraksi PDIP tidak lagi menuntut bantuan Parpol tahun 2010 untuk dirapel di tahun 2011.
Hadi Prabowo, Sekda Prov Jateng menyatakan usulan dana bantuan parpol yang diajukan untuk PDIP Banyumas tahun 2010 tidak bisa disetujui karena dana APBD digunakan untuk membiayai pengeluaran tahun sebelumnya.
Menurut sekda, DPRD Banyumas mempunyai waktu yang sangat singkat untuk menyelesaikan pembahasan tersebut. karena sesuai dengan ketentauan raperda Perubahan APBD harus selesai selambatnya tiga bulan sebelum akhir tahun anggaran.